2020年公众号文章盘点
2020年又写了很多篇文章,基本上这篇文章和往年一样,就是把每月的最高阅读量文章拿出来,当然有些月份阅读量最大是图片分享,不得不说有时候大家更乐于看我发张图水一下。在这个精选系列里,我会忽略图片分享的文章。
1月
1月份的生物女博士用ggtree
带娃的打开方式,让大家发现,我天天在写的小众ggtree
原来还能这么玩,原来可以和小朋友一起画图、互动,讲解动植物关系上如此有用,又能萌萌哒,吸引孩子的注意力。
2月
我放假回到大农村,天天就是吃饭睡觉,反正闲着也是闲着,我就教大家怎么用ggplot2
画地图,可视化疫情,然后我又写了一个R包,实时抓取数据,这个包算是写得非常早,而且关键是多年写R包的经验,让这个包访问数据的接口异常简单,好像你就在操作一个data frame一样。这篇文章一发表,就成为了这个公众号四年来唯一的一篇10万+的文章,带来了近1万粉丝的增长。后来加入了历史数据(这样可以画动图,看疫情如何扩散等),增加国外的数据,加入了dashboard等等。
这个包还是有一定的影响力的,有好几个疫情网站的后台在使用这个包获取数据,然后也有不少教师使用这个包用于教学,让学生做项目,所以我也收到了不少邮件求帮忙完成作业之类的,不过我都无视了。后来在medRxiv上放了一个小文章介绍一下,现在也有十几个引用了。
3月
人民日报的风玫瑰图一出来,我就写了一篇文章,纯R代码出爆款图,最近看到一篇生信文章使用了这个爆款风玫瑰图,以后可能会经常出现了各种TCGA灌水文中。
4月
某一天我突然想到基因ID的转换,基因信息的检索,可以放到公众号后台嘛,于是花了一点时间,就做了这个。不瞒大家说,只支持人,而且我使用的注释数据来自于org.Hs.eg.db。
5月
介绍了一个R包,这个我觉得配合ggplot2
非常好,虽然它也能支持base plot等其它的图,但因为base plot你画图本身就要考虑细节,而ggplot2
的图形语法让你站在更高的抽象水平思考如何呈现数据,然后细节是后面要考虑的事情,你需要用主题,标尺等去修改细节,而这两部分对于初学者来说,也比较难掌握一点,现在好了,只管数据出图,然后导出到PPT,点点鼠标改改细节,简直不要更爽。
6月
6月份,2019的影响因子一出来,我马上更新公众号后台的数据,让大家可以及时使用本公众号查询影响因子,跟炒股似的,是涨是跌牵挂着科研股民的心。
7月
7月份介绍了aplot
包,也是我对于画图的一点思考吧。文后还搞了个8g,其实不少人说想跟我学习什么的,又不是我的学生,我没有义务去教,我也不想去教,试想一下,凭什么我私下花时间回答你的问题,给你提点?
我不拒绝想学的人,但我没时间也没精力也不可能来个张三李四我就去指导他,我一直有说,如果真的想要,就去关注我们开发的包,如果你能够参与,做点贡献,比如你给我个PR,我肯定会去review,愿意给你一些指导,或者说你有相关的问题问我,我肯定愿意回答。
8月
某晚睡不着,想起了多年以前写的直播贴,搬运过来,过后很多人催更,当年我就没有继续写,现在和以后,可能也不会了。
9月
base plot实现图形语法,这个东西主要是我的尝试,我写了一点东西,让它看上去像模像样,然后我就搁置了,实在没空去开发。但我愿意去尝试写出来这样的东西,其实更主要是为了告诉大家,base plot和ggplot2不是一个level的东西,图形语法base plot也能有。无知限制了你的想象力而已。这个plotbb的包其实是2019年写的。
很多人说起R这也不能,那也不能的时候,特别有自信,都不知道是哪来的自信。
10月
这是我多年维护clusterProfiler包的一些思考,我们准备做一些新的可视化方法,帮助大家解读富集分析结果。
11月
这是一件开心的事,2017年发表的ggtree文章,被MEE期刊拿出来highlight了,荣幸之至。
12月
这一篇文章本来是别人转发给我的,因为里面摘录了我之前的一段话,转发给我的人说他当时就被我感动了,再次看到,感动依然,我于是翻看了,这是港大的师弟写的,这段话也感动了他。